Ciudad Ros Casares Valencia, actual denominación oficial del club, es el heredero de los derechos deportivos del Popular Bàsquet Godella, que se constituyó en 1996 tras su separación del Dorna Godella. La empresa Francisco Ros Casares S.A. entró a tomar las riendas del club a la conclusión de la temporada 1998-1999, cuando el nombre de la entidad respondía a C.B. Godella.
Temporada 1999-00
En la primera temporada de Ros Casares Godella, con Ángel Fernández como entrenador, el equipo finalizó la Liga Femenina en cuarta posición. En esa campaña la plantilla acabó siendo dirigida por el tándem Mar Navarro-Javier Pinazo, clasificándose por pimera vez en su historia para disputar una competición europea, la Copa Ronchetti. Además, en ese año el club organizó la Copa de la Reina en Godella, donde llegó hasta unas semifinales en las que no pudo superar al Ciudad de Burgos.
Temporada 2000-01
Con Ramón Márquez como entrenador y Manolo Coloma como director general de la entidad, Ros Casares logró con el Universitari como rival su primer título de la Liga Femenina, obteniendo así el billete para disputar la Euroliga Femenina. En la Copa Ronchetti el equipo valenciano cayó ante las italianas de La Spezia y en la Copa de la Reina, ante el Caja Rural Canarias.
Temporada 2001-02
Con un proyecto ya consolidado y trasladado a la ciudad de Valencia, Ros Casares confió el banquillo del equipo a Esteban Albert y la dirección deportiva a Miki Vukovic. Con ellos, el Ros Casares debutó en la Euroliga con un papel más que digno, donde no pudo pasar de la primera ronda pese a convertirse en el mejor equipo de la segunda vuelta. Pero fue ésta la única competición sin premio para el club, que logró su primera Copa de la Reina (Salamanca) ante el Yaya María de Lugo y su segunda Liga Femenina, de nuevo al Universitari (2-1).
Temporada 2002-03
Bajo la dirección de Esteban Albert, Ros Casares revalidó el título de la Copa de la Reina (Zaragoza) ante el UB FC Barcelona, pero cayó en la final de la Liga Femenina ante el equipo catalán en una emocionante serie final. En la Euroliga Femenina el equipo valenciano llegó más lejos que nunca, pero el Valenciennes francés eliminó al conjunto en cuartos de final.